PUERTO CORTÈS
Esta aduana funcionó en el lugar denominado “Línea del Ferrocarril”, luego paso a la primera Avenida, después a la Cuarta Avenida, hasta llegar al local que ocupa actualmente en las instalaciones físicas correspondientes a la Empresa Nacional Portuaria. El hecho de que la aduana no tenga un edificio propio, tiene su origen en el asentamiento histórico que sucedió el 16 de Agosto de 1966, cuando se inicia las operaciones portuarias y la custodia de mercancías, almacenes, carga y descarga de los barcos pasa a la Empresa Nacional Portuaria y el Señor Administrador de esa época, Don Felipe Bustamante, entrega al Señor Ricardo Reyes, primer Gerente de la EPN., los bienes instalaciones y terrenos que correspondían a la jurisdicción aduanera, pasando así todo a poder de la portuaria.La iniciativa de los Megaports consisten en disuadir, detectar e interdecir el contrabando de materiales y otros elementos radiactivos mediante el sistema marítimo internacional.
A finales de Agosto y principios de septiembre del 2005, se puso en marcha en puerto Cortès el nuevo sistema de escaneo de contenedores mejor conocido como rayos gama. Dicho sistema de instalación en el puerto con el fin de realizar un mejor control de las mercancías que transportan los contenedores que entran y salen diariamente de los precios de la Empresa Nacional Portuaria
TONCONTIN
En los años 1964-68, hubo la necesidad imperiosa de aplicar las instalaciones de la Aduana de Toncontín, debido a que el volumen de mercaderías había ido en aumento.
Las importaciones que se realizaron por èsta aduana, eran vía aérea y terrestre, siendo las empresas de TAN-SAHSA, TACA Y CCT, las encargadas de realizar dicho comercio, en ese entonces, las oficinas estaban centralizadas todas en el Almacén, habiendo sido necesaria la realización de apertura de otras oficinas, las cuales se inauguraron en el año de 1957, bajo la administración del LIC, ERNESTO ZUNIGA RIVAS.
Actualmente esta administración de aduanas cuenta con instalaciones modernas dotadas de equipos necesario para sus funciones y aumento en el almacenaje de las mercancías fue consecionado a la empresa SERLIPSA
AMATILLO
La aduana del Amatillo fue construida en los años 1946-1947 por Carlos Becker, la misma persona que construyo la aduana terrestre de la Fraternidad en los años 1943-1945. Hasta Julio de 1969, en que las acciones bélicas llevaron a cabo la destrucción total de esta Administración de Aduanas, para los países, Honduras y el Salvador, se contaba con oficina bancaria y otros servicios.Esta aduana ha sido decisiva como parte del desarrollo económico y social del país, tanto para su facilitación del comercio, la industria y el turismo, como también a las finanzas publicas en concepto de impuesto y otros cargos al comercio exterior.
Funciona como una Aduana de Trànsito, ya que a raíz de la apertura de la Aduana El Guasaule ha disminuido el trànsito de mercadería. La mayor parte del trabajo que se realiza son los aspectos de revisión de mercaderías procedentes de Panamá y sobre todo la detección del contrabando de drogas provenientes de otros países.
El 29 de enero de 2001, las autoridades de Salvador y Honduras decidieron integrar el funcionamiento de las oficinas de las aduanas, migración y cuarentena, de las aduanas fronterizas de El Amatillo, en un solo edificio o instalaciones, lo que se realizó mediante el traslado del personal, mobiliario, equipo de oficina y bancos de Honduras a las instalaciones de la Aduana El Amatillo de El Salvador y el traslado de personal de migración y cuarentena de El Salvador para el edificio de la aduana de Honduras. Dicha decisión se tomo con el propósito fundamental de armonizar los procedimientos aduaneros que han de implementarse en las aduanas periféricas al entrar en vigencia la Unión Aduanera entre estos dos países.
Si bien, la integración de estas aduanas se realizó en el marco de la Unión Aduanera, su efecto inmediato se ha reflejado en el control, simplificación y agilización de los procedimientos aduaneros que se efectúan en estas aduanas, ya que al usuario se le atiende en el mismo edificio y en la misma ventanilla tanto para registrar y autorizar la salida de las mercancías de un país como para el ingreso al otro país, bajo cualquiera de los regímenes u operaciones aduaneras, vigentes en ambos países.
La aduana El Amatillo, es una aduana terrestre fronteriza entre El Salvador y Honduras, se encuentra a 209 kilómetros de San Salvador (capital de El Salvador), carretera Panamericana, hacia el Oriente, en la jurisdicción del Departamento de La Unión y a 140 kilómetros de la capital de Honduras (Tegucigalpa), hacia el Sur Occidente, en jurisdicción del Departamento de Valle. En la actualidad es la aduana terrestre que concentra el mayor flujo de comercio y turismo entre estos dos países; siendo esta la razón principal por la cual se seleccionó para su unificación o integración.
Las actividades de importación, exportación, tránsito y otras, amparadas en regímenes aduaneros se describen tal y como se realizan en esta aduana.
Esta funcionando como Aduana Integrada desde el 29 de enero del 2001; Esto se refiere a que realiza servicios administrativos responsables de la aplicación de la legislación y procedimientos aduaneros comunes de dos o mas países, que comparten una misma oficina administrativa de despacho de las mercancías.
